Malgré la forte urbanisation de leurs rives, les lacs naturels d’Annecy et du Léman, ce dernier étant frontalier avec 3 cantons helvétiques, constituent un élément de diversité particulièrement important. L’accueil de l’avifaune aquatique, principalement en hiver, est suffisamment remarquable pour que le Léman, véritable mer intérieure, figure dans la liste des sites RAMSAR. Néanmoins, la configuration des fonds limite l’accueil des canards : la rareté des roselières, le fond graveleux et les berges abruptes empêchent une reproduction efficace, tandis que la présence de la moule zébrée (dressena) a favorisé le stationnement d’effectifs parfois impressionnants de canards plongeurs. Des chiffres record de l’ordre de 60 à 80 000 oiseaux ont été trouvés au début des années 80 sur le Léman. Le lac d’Annecy a toujours accueilli moins d’oiseaux, mais la reproduction du colvert s’y trouvait remarquable.

Très rapidement, les lacs ont fait l’objet d’une volonté administrative de restriction de la chasse. Quelques abus ont convaincus les gestionnaires (DDAF) de mettre en place une logique de zonage des rives, qui place en réserve de chasse une part importante du rivage : près de 80% sur Annecy, plus de 60% sur le Léman. Il est dommage que sur le plus grand lac naturel de France, les réglementations ne se soient pas assorties avec la Suisse voisine. Grâce à de nombreux équipements touristiques (ports, pontons,…), les berges ont accueilli un nombre croissant de colverts, notamment sur le lac d’Annecy, qui ont rapidement montré des comportements semi-domestiques. Les lâchers d’oiseaux d’élevage ont rapidement été interdits dans les baux amiables de location de chasse établis par l’Administration. L’apparition d’un parasite microscopique (bilharziose) dans les années 70 sur le Léman, puis plus récemment en 2000 sur Annecy, a provoqué un changement dans les mentalités protectionnistes : sur Annecy, une régulation des colverts a été demandée par les autorités, pour limiter le taux d’infestation en bilharzies des zones de baignade. Les chasseurs contribuent activement au programme scientifique mis en œuvre sous l’égide du SILA ; un programme a été proposé par la Fédération des Chasseurs et l’AICA du lac d’Annecy pour concilier la régulation attendue sur les oiseaux semi-domestiques et le maintien de zones de quiétudes pour l’avifaune migratrice.

Actuellement, la population nicheuse de colverts semble stable sur les deux grands lacs, sachant que le biotope optimal pour cette espèce reste les zones de marais et d’étangs. Plus inquiétant, les effectifs d’hivernants rencontrés sur ces deux grands réservoirs sont en diminution. Les suivis réalisés chaque année par un réseau d’observateurs, en lien avec le CNERA avifaune migratrice de l’ONCFS, montrent une tendance à la baisse des effectifs, sans raison véritablement apparente. Suivant une logique identique, le nombre de chasseurs intéressés par les canards diminue également, bien que les grands lacs bénéficient d’une organisation qui permette d’accueillir des chasseurs de tout le département.

Les menaces qui pèsent sur l’avenir des dernières zones naturelles rencontrées autour des grands lacs sont essentiellement d’ordre urbanistique. Quelques secteurs sont protégés intégralement (réserve naturelle et réserve de chasse), d’autres partiellement (réserve de chasse), mais seule la loi littorale peut contenir les projets des promoteurs ou de certaines Communes.