Notre département possède un maillage de zones humides sur son avant pays. Considérés de tous temps comme inutiles, les marais ont régulièrement diminué sous la pression urbaine ou agricole, notamment au cours des deux dernières décennies. L'action de l'homme a induit une modification remarquable des paysages, et des conséquences manifestes sur le régime des eaux et la faune spécifique de ces milieux. Les statistiques nationales annoncent un rythme de 10 000 ha par an depuis les années 70.

De par ses missions de préservation de la faune et des habitats, la Fédération Départementale des Chasseurs s’est aperçue des bouleversements irrémédiables et rapides subis par les zones humides, sans qu'il soit malheureusement nécessaire de recourir à un suivi technique précis compte tenu de l'évidence de la situation : les secteurs entiers asséchés et mis en monoculture de maïs ou de prairies artificielles restaient pourtant un moindre mal devant l'édification de bâtiments industriels et commerciaux programmée par les Collectivités. Les impacts sur la faune furent bien entendu catastrophiques, mais ces aménagements correspondaient à des besoins économiques très forts, qui ont contribué à améliorer les conditions de vie et les revenus des populations locales.

Aussi, la Fédération a lancé une politique visant à assurer la conservation et une valorisation écologique maximum des derniers marais du département. Cette ligne de conduite se décline en deux points :

La préservation des biotopes : grâce à la Fondation Nationale pour la Protection des Habitats Français de la Faune Sauvage, financée à partir des redevances de chaque chasseur, il a été possible d’acquérir plusieurs terrains, avec pour objet la conservation des biotopes remarquables qu’ils contiennent. A ce jour, la Fondation est propriétaire d'un patrimoine de plus 40 ha de zones naturelles en Haute Savoie.

La valorisation écologique des zones humides : Face à la pression foncière, l'acquisition de territoires n'est pas une priorité de la Fédération, qui a insisté sur la sensibilisation de ses adhérents (les Associations Communales de Chasse Agréées) à une valorisation écologique des marais du plus grand nombre de communes possible. Malgré le faible intérêt cynégétique des oiseaux d'eau pour le chasseur des Alpes, nombreuses furent les sociétés à s'investir dans la réhabilitation ou l'aménagement de zones marécageuses laissées à l'abandon. Cette action de sensibilisation est passée par une indispensable phase d'information (qui continue  toujours), mais a consisté aussi en une nouvelle participation financière à la réalisation de travaux.
Depuis le début des années 80, ce sont pas moins d'une cinquantaine de plans d'eau de dimensions variables qui ont été étudiés, réalisés ou valorisés sur les deux départements.

En conséquence, il est possible d’avancer une estimation sur l’investissement concédé depuis le début des années 80 sur ce thème par les Fédérations des Chasseurs des Savoie à plus de 2 000 000 de francs, pris en totalité sur les fonds des seuls chasseurs au profit de la Collectivité.

L’objectif de cette politique répond aux conclusions des études menées en 1982 par l'Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage, organisme de recherche sur la faune et ses écosystèmes, et la Fédération Nationale des Chasseurs, structure fédératrice des organismes cynégétiques. Il doit répondre d'une démarche globale d'intérêt général : améliorer la situation pour les espèces concernées, principalement des oiseaux migrateurs, et préserver le milieu existant pour la flore présente sur les sites. L'approche privilégie une valorisation globale des milieux plutôt qu’un développement spécifique et réducteur.

En parallèle, la Fédération travaille à des projets de plus grande envergure en relation avec les Administrations (mesures agri-environnementales), les Collectivités (Communes, Conseils Généraux), ou l'Enseignement (sections environnement).